圣保利俱乐部成立于1910年。1919年它第一次升入了当时的北德甲级联赛，但最终只获得最后一名。1924年与体操分家后正式命名为圣保利足球俱乐部。1931年第一次打入了北德足球锦标赛的决赛圈。

　　战后的1947年圣保利队获得汉堡市足球锦标赛冠军。1948年该队在当时的英占区足球锦标赛决赛中以1：6负于汉堡队获亚军；同年它还打入了德国足球锦标赛的半决赛，在半决赛中以2：3负于纽伦堡队。1949和1950年它都进入了德国足球锦标赛的1/4决赛。

　　1951年圣保利队以5：0战胜汉堡队。1954年该队位列不来梅队之后获得德甲联赛北部赛区亚军，球员阿尔弗里德·贝克入选国家队。1956年它保级成功。1960年波格斯成为入选国家队的最后一名圣保利球员。

　　1962年它在最后一届老的德甲联赛中战绩不佳，没有获得参加新德甲联赛的资格。1964年该队获得德乙联赛北部赛区冠军，但在升级赛中负于拜仁慕尼黑等队，升级未果。1965年获德乙北部赛区亚军，但在升级赛中负于罗伊特林根队。

　　1966年再获德乙联赛北部赛区冠军，在升级赛中与第一名红白埃森队积分相等，但因为净胜球少两个而升级未果。1972和1973年两次获得德乙联赛北部赛区冠军，但都在升级赛中被淘汰。

　　1974年第一次参加新创建的德乙联赛，曾以10：2大胜沃尔夫斯堡队。1975年获德乙第三名。1976/77赛季获德乙冠军，第一次升入德甲。1977/78赛季，以仅积18分、德甲末名的成绩降级。

　　1978/79赛季，获德乙北部赛区第六名，但俱乐部的职业足球许可证被德国足协吊销，球队被迫降入丙级。1981年圣保利队获得丙级联赛北部赛区冠军，因为这一年德乙南北赛区合并为一体化的德乙联赛，所以丙级队没有升级的机会。1983年再夺丙级联赛冠军，但没有通过升级赛。

　　1984年重返德乙。1985年又降回德丙。1986年升入德乙。1987年获德乙第三名，在升级淘汰赛中负于洪堡队，升甲未果。1988年升级成功，重返德甲。1989年获德甲第十名，这是圣保利队历史上的最好成绩。

　　1991年在降级淘汰赛中负于斯图加特踢球者队后降入德乙。1995年5：0战胜洪堡队后在主帅马斯罗率领下重返德甲。1996年以德甲第15名的成绩勉强保级。1997年以德甲末名身份降级。2000/01赛季在主帅德穆斯率领下以德乙第三名的成绩打回德甲。